Ślady bytności człowieka na terenie Pafos, tak jak i na całym Cyprze, sięgają niepamiętnych czasów. Miasto zostało założone prawdopodobnie na początku XIV w. p.n.e. Uważa się, że od samego początku istniał tu silny kult Afrodyty (wywodzący się zapewne z przedgreckiego kultu płodności, inna teoria mówi o obcym, niegreckim pochodzeniu kultu Afrodyty), o czym świadczyć może poświęcona jej słynna na cały świat grecki świątynia, którą zbudowano tu już w XII w. p.n.e.